De arkeologiska utgrävningarna under 1980-talet inför ombyggnaderna av Riksdagskset och planerna på ett stort underjordiskt garage ledde till nya fynd och ny kunskap om Stockholms medeltida historia.
Fynden var så uppseendeväckande att iden till Medeltidsmuseet föddes.
Det förnyade museet öppnar våren 2010 efter renoveringen av Norrbro. I museet ingår delar av det utgrävda området, som Yttre Norreports ringmur från 1530-talet, en "hemlig" gång till slottet och en av arkeologerna undersökt begravningsplats med bevarade skelett från Helgeandshusets kyrkogård. Museet har sin entre från Strömparterren och sträcker sig långt under Norrbro.
I museet visas också Riddarholmsskeppet från tidigt 1500-tal. Helgeandsholmen bestod på medeltiden av flera öar som kommit att förenas genom utfyllnader. Ett Helgeandshus (hospital) anlades omkring år 1300 för sjuka och fattiga på två av öarna och gav namn åt den södra ön, Helgeandsholmen, 1320.
En yttre stadsport till Stadsholmen är omnämnd 1419 och den kraftfullare Yttre Norreport byggdes omkring 1470. Hospitalet flyttades av Gustav Vasa först till Riddarholmen och sedan till Danviken medan klostret stängdes. Minst ett badhus har funnits på ön, liksom fiskebodar, slakteri, bryggeri, tvätteri och vattenkvarnar. Flera kungliga stallbyggnader har funnits på Helgeandsholmen sedan Gustav Vasas tid, den senaste från 1696-99 var ritad av Tessin d.y. och försvann först inför bygget av Riksdagshuset.
